Pues voy a indicar el procedimiento que sigo yo con el Photoshop, aunque puede que haya otras formas más eficaces o profesionales de hacerlo.
Lo primero es ir a la carpeta donde está el archivo de las banderas y hacer un duplicado, por seguridad. La ruta de ubicación puede verse en el navegador.
Ahora abrimos el archivo con el Photoshop, en este caso la versión CS6, al que previamente hemos aplicado el plug-in para que pueda trabajar con archivos .dds, que se puede descargar aquí:
https://developer.nvidia.com/nvidia-texture-tools-adobe-photoshop
Al abrir el archivo, hay que elegir la opción indicada:
Dependiendo de la versión de Photoshop, puede preguntarte también esto:
Vale, ya tenemos abierto el archivo de banderas en el Photoshop.
Este archivo ya lo tengo modificado, por lo que se ven unas cuantas banderas españolas. Voy a cambiar una más como ejemplo.
Necesitamos una bandera española de las mismas medidas que la que queramos sustituir. Por comodidad, incluyo la que uso.
https://i.gyazo.com/ec3551a65df7605137ad681f9da26539.png
La abrimos, copiamos y volvemos a la colección de banderas, donde la colocaremos encima de la señalada y la pegamos segurándonos de que cubre perfectamente a la otra.
Y repetimos el mismo proceso con todas las que queramos sustituir.
Para salvar el trabajo, usaremos la opción "Guardar como...".
Salváis con el mismo nombre y tipo de archivo.
Decís que sí a sustituir y os saldrán unas opciones del archivo .dds
Buscáis y seleccionáis las que vienen en la imagen, y le dais a salvar.
Volvéis a la carpeta del archivo para hacer una comprobación. Si el archivo se ve como en la primera imagen, no debería haber ningún problema, pero si sale como a continuación, es que algo no se ha hecho como debiera y las banderas (y quizá algunas otras cosas) no se verán bien en el juego.
Las opciones de apertura y guardado de archivo tuve que descubrirlas a base prueba y error. Quizá haya alguna otra, pero éstas son las que me funcionan.
Espero que os sea de ayuda y disculpad el tocho.